自从离开了第五舰队之后，斯普鲁恩斯就没有以往那么好的运气了。就算金上将仍然很支持他，而且尼米兹也通过在军队与政府内部的关系为他提供了帮助，可是在回到了诺福克之后，斯普鲁恩斯就一直在处理那些他最不愿意遇到的麻烦，比如针对大西洋舰队作战行动的调查工作。
圣地亚哥沦陷之后，美军内部的矛盾全面爆了，而矛盾的焦点就是由谁来承担这个责任。
金上将是肯定不会承认是因为舰队没有积极行动，才导致圣地亚哥沦陷的，毕竟舰队只是次要力量，而真正负责防御圣地亚哥的是6军部队，而不是海军。可问题是，马歇尔也不愿意承担责任，甚至不愿意让布雷德利来背这个黑锅，因为当时马歇尔找不到一个可以顶替布雷德利的将领了。
在6军总参谋部提交给总统的战报中，有意的避开了6军所应该承担的责任，反而将海军在战役中的消极表现放到了位，这其中，就以大西洋舰队的消极行动最为重要。当然，不能否认大西洋舰队的消极行动产生了影响，可是金上将绝不会承认这一点，而且他的观点有一定的证据支持，比如正是因为大西洋舰队的积极行动，唐帝国海军的主力舰队才无法在战役初期为登6部队提供支持，不然圣地亚哥会更快沦陷，而没有守住圣地亚哥，是因为6军的反击不够强大，而且布雷德利在战役之前的判断出现了根本性的错误。至于当时圣地亚哥港的海军部队在战斗中的表现，这个并不是关键，因为那不是作战部队，只是负责管理港口，以及维持港口正常运转的一支非战斗性部队而已。
之前，美国6海两军的统帅还没有生过直接争吵，而且在一些关键问题上，马歇尔与金一直保持着默契。比如在新奥尔良遭到轰炸之后，总统要求动一次报复性反击行动，马歇尔与金都不支持，结果阿诺德也没有做出什么文章来。可是这次事关谁来承担责任的问题，不管是马歇尔，还是金，两人都不想因此而受到责难，更不想让自己的部下来背黑锅。自然就都不会让步了。
事情从八月中旬闹到了下旬，总统甚至为此专门召开了一次军队高层会议，可结果马歇尔与金上将都不肯让步。闹到最后的结果是，总统，也不耐烦了。说白了，必须要有人出来承担责任，而且绝不会是马歇尔或者金本人，而是负责指挥部队作战的将领。那么，也就只两个人有可能背黑锅，一个是古巴防御司令布雷德利，另外一个就是大西洋舰队总参谋长斯普鲁恩斯。
可问题是。当时马歇尔全力担保布雷德利。而金上将又权利担保斯普鲁恩斯，而且都指责对方作战不力，才导致圣地亚哥迅沦陷。而且都认为，如果对方能够更积极主动一点，或者是对战局的把握更准确一点，就不会遭受如此惨败。毫无疑问，这种争执是没有任何好处的，特别是当美军总司令总统是一个不折不扣的强硬派的时候，6军总参谋长与海军部长的争执绝不会有任何好地结果。
当时，美国总统德拉诺刚刚开始他的第四界任期，他是美国历史上唯一一个连任四界的总统。虽然美国国内大部分民众在受到了欺骗性的宣传之后，都对战争充满了希望。但是作为一个已经连任四界，而且需要更多人支持的总统，也就是美军总司令来说，军队内部的任何争吵都是没有好处的，不管是马歇尔，还是金有道理，这种争执绝对要制止，也绝对要打压下去。
八月二十二日，总统给了6军总参谋长与海军部长一人一巴掌。当天就成立了一个独立调查委员会。并且直接由白宫领导，不通过国务卿的内阁，也不受两军影响，而加入该调查委员会的都是总统幕僚班子里的权势人物。该调查委员会地任务就是查清楚到底是谁地错误指挥，以及消极态度最终导致圣地亚哥迅沦陷。
因为当时古巴战场上的战斗还没有平息下来，唐帝国6战队正在猛攻巴亚莫与奥尔金，在马歇尔全力担保，以及提出临战换帅对作战严重不利之后，调查工作就先从刚返回诺福克没有几天的大西洋舰队开始。而参与调查地人员都是总统的亲信，并且获得了总统的最高授权，还有一支宪兵部队配合进行调查。也就是说，该调查委员会有权力传讯包括斯普鲁恩斯在内的大西洋舰队的任何一名官兵，并且进行隔离询问，而不需要接受金上将的干预。
金上将对此表示了强烈的不满，可是再不满，他也无法改变总统的决定。该委员会的调查小组在八月二十二日下午就到达了诺福克，并且在当天就将舰队司令部的参谋军官先隔离了起来，然后是各战舰舰长，在后方负责联络地参谋军官。到二十三日上午，斯普鲁恩斯也受到了传讯。调查工作全面开始了。
不管这次调查的结果如何，对斯普鲁恩斯，大西洋舰队，甚至是美国海军而言，这绝对是一次巨大的打击。先这让很多人意识到，总统不再信任海军。其次，调查工作严重的影响到了大西洋舰队的正常秩序。最后，这还严重分裂了大西洋舰队，给部分有野心的参谋提供了表现的机会。特别是在传讯了之前被斯普鲁恩斯解除了职务的那几名谋反的参谋之后，大西洋舰队内部已经四分五裂，而且人心惶惶，还有哪个官兵会想到作战行动呢
连续好几天，斯普鲁恩斯都在接受各种各样地询问。除了他心底要保全大西洋舰队的想法之外，他没有隐瞒什么，而且也没有必要隐瞒什么。说实话，当时负责调查的那几个人都不是海军军官，对海军又有多少了解呢而且斯普鲁恩斯在指挥舰队作战的时候，就已经考虑到会遭到调查，因此他在下达命令，部署作战任务的时候都相当主意措词。可是斯普鲁恩斯忽略了一个问题，那就是大西洋舰队不是他之前的第五舰队，他的大部分亲信参谋都没有在这里，那么就不是所有的参谋都会站在他这一边。
到了八月二十八日，调查人员查到了当初斯普鲁恩斯赶走的那几名参谋军官，这也是整个调查地转折点。在这几个参谋军官的供词中，都提到斯普鲁恩斯消极应战。很快，好几个受到单独审问的参谋军官的供词也出现了漏洞。
到九月二日的时候，斯普鲁恩斯受到了第六次传讯，这也是持续时间最长的一次询问。虽然调查人员很是客气。但是却提到了几个极为关键的问题。比如，斯普鲁恩斯在知道唐帝国的联合舰队将出现在巴哈马群岛南部海域之后，为什么不积极迎战，而是选择了撤退。以及在被敌人地侦察机现之后，为什么没有立即动进攻，而是逃避。还有在随后的行动中，大西洋舰队为什么改变了作战安排，转而离开了战场，而不是南下进入加勒比海。面对这些问题，就算斯普鲁恩斯早就有所准备。可也很难给出一致的答案。他的回答在很多地方都相互矛盾。
到这个时候，斯普鲁恩斯已经是回天乏力了。他是精明的指挥官，是战术应用的高手。也是战场上最明智的人，可他并不是阴谋家，也没有策划阴谋的那种天分。调查越深入，斯普鲁恩斯在战役中所采取的消极应战的行动也就越明显。到九月五日的时候，全面调查工作基本上结束。虽然调查委员会没有权力决定将领与军官应该受到什么样地惩罚，但是斯普鲁恩斯当时就已经知道，他的海军军人生涯结束了。
美国总统是在九月七日的时候拿到了调查委员会对大西洋舰队全面调查的第一份报告的。这份报告中有很多地方的措词都相当强烈。可想而知，在总统把金上将叫到白宫，并且让金上将看了调查报告之后，金上将会有什么样的反应。当时。金上将就提出了辞职，表示愿意承担大西洋舰队的一切责任，很明显，金上将不惜以辞职相威胁，以保护斯普鲁恩斯。总统不可能接受金上将递交的辞呈，因为没有第二个人可以顶替金上将，无奈之下，总统只能命令调查委员会进行更深入的单独调查。
当时，金上将没有忘记另外一件事情。即古巴的地面战斗基本上已经结束，唐帝国6战队没有继续动进攻，而且在可以预见的两到三个月之内，敌人也不会动大规模的进攻，那么就应该对6军在防御圣地亚哥，以及古巴东南部地区地作战行动也进行相应的全面调查。说白了，这就是祸水东引，只要在6军也查出了问题，那么总统就不能把责任都推到海军身上去，到时候，甚至不需要让海军来承担主要责任，也就自然不会让斯普鲁恩斯离开大西洋舰队了。
针对6军的调查是在九月九日开始的，布雷德利被招了回来，而且还有上百名参谋，以及前线指挥官接到了传讯。与大西洋舰队的情况一样，针对6军的调查工作也很是彻底，至少那些善长玩弄政治手腕的调查人员不会被马歇尔故意安排的障碍所难倒。同样的，马歇尔地反应也十分的强烈，并且在九月十日的时候，就直接去了白宫，把写好的辞呈交给了总统，同样以辞职来威胁总统，要总统停止调查。
到九月十二日，总统不得不将马歇尔与金上将叫到一起，在重申必须要进行彻底调查之后，他没有接受两人的辞职要求，反而要两人以军人的身份，继续为国家效劳。很明显，总统的态度不会改变，调查工作也不会停止。可问题是，马歇尔与金上将心里都清楚，随着调查深入，问题肯定是越查越多，到时候谁也下不了台，说不定还会因为调查而引兵变，至少也会影响到军队的士气，在国内造成不好的影响，到时候又怎么收场
总统与两军统帅的矛盾差点就在这个时候爆，而事情的转机出现在九月十三日，布雷德利上将绕过了马歇尔，亲自向总统表示愿意承担失败的责任，并且辞去现有的所有职务，接受全面调查。
布雷德利的选择是比较明智的，当时必须要有人出来承担责任，而且他在战前的判断严重错误，这一点是没有办法改变的。相反，斯普鲁恩斯犯的错误要比他轻得多，如果从他们两个中挑一个出来承担责任的话，那么肯定是布雷德利，而不是斯普鲁恩斯。布雷德利主动提出辞职，这要比总统下达解职更好一点，至少能够保全他作为军人的名誉与身份，而不是耻辱的下台。
对于布雷德利的行为，马歇尔愤怒归愤怒，可是他不得不接受事实。原本事情到此也就告一段落了，可当时舰队里存在的问题是不可能继续隐瞒下去的。结果，在九月十四日，也就是联合舰队离开了金斯敦的当天，总统命令金上将直接指挥大西洋舰队，而不是由斯普鲁恩斯这个舰队参谋长代理指挥。也就是说，金上将的主要身份不再是海军部长，而是大西洋舰队总司令。
金上将接受了总统的命令，因为这是让斯普鲁恩斯留在大西洋舰队的唯一办法。当天，金上将就去了诺福克，正式接管大西洋舰队。也就在当天晚上，唐帝国海军联合舰队离开金斯敦的消息送到了诺福克。金上将随即命令斯普鲁恩斯去动员舰队，做好出的准备工作。而当时舰队已经四分五裂，要想迅动员起来几乎是不可能的。直到十六日，舰队仍然没有做好出的准备工作，而当金上将收到巴哈马群岛遭到轰炸的消息后，他也知道，大西洋舰队即将开始最后一次作战行动了。