杨安玄占据许昌城，将太守温详和司马马广软禁在宅中，通过温详的印信发号施令。
首先，杨安玄调阴绩、齐恪等人率军前来颍川，接着对二千颍川郡军进行筛选，仅留下八百六十人，其他人遣散归家，以府衙名义命令当地官府给田四十亩。
命阴绩、孟龙符等的操练兵马，杨安玄以广武将军的名义再度向萦阳太守陶庆行文，要求萦阳郡在年前将一万五千石粮食运至许昌城。
陶庆得知许昌城被夺，温详等人被软禁的消息大惊失色，与主簿、司马商议后，决定一面向朝庭举报杨安玄一面依言向许昌送去粮食。
好汉不吃眼前亏，若是惹恼了杨安玄，说不定兵临城下，自己会成为第二个温详。
襄城太守司马尚之得知杨安玄强占许昌城，在颍川郡发号施令，立时行文斥责，要杨安玄退出许昌，回新息守孝。
为防杨安玄向襄城用兵，司马尚之下令关卡严加戒备，同时向朝庭弹劾杨安玄擅自刀兵，暗指杨安玄有不臣之心，要求朝庭严惩。
萦阳郡和襄城郡的公文送至京城时，司马元显正为南下平叛的北府军大败焦头烂额。
谢琰死后，司马元显派冠军将军桓不才、辅国将军孙无终和宁朔将军高雅之统率三路大军南下平叛。
三人皆是沙场宿将，与孙恩作战吸取了谢琰的教训，稳步推进，留意孙恩水师偷袭，打了不少胜仗，占据了上风。
桓不才和孙无终是三品将军，高雅之虽是四品却是刘牢之的女婿，麾下将士训练有素，装备精良。
司马元显下令三人统军南下平叛时并未命令由谁统率，三人彼此之间便相互猜忌、提防，生恐被别人抢了战功。
孙恩叛军经过两年多的战事磨练，战斗力提升，特别是杀死谢琰后，对北府军的惧意大减。
朝庭再度派北府军平叛，孙恩并没有逃回海岛，而是利用复杂的地形和水军优势与北府军周旋，打得有声有色，战事陷入胶着。
眼见天气变冷，高雅之急躁起来，抢先向盘据余姚的孙恩部发动进攻。
孙恩陈兵甬江平原，利用地势防御，与北府军激战。孙恩部战败谢琰时得到了一些北府军的辎重，不少人换上了皮甲，拿到了锋利的刀枪，勇气倍增，
余姚北有五磊山，南面四明山，分为南北屏障，甬江(余姚江)由西向东从狭长的平原上穿过入海，易守难攻。
孙恩部据险而守，北府军进展缓慢。桓不才和孙无终见高雅之发动攻击，生恐战果落入高雅之之手，相继加入战斗。
看到北府军倾巢而出，孙恩抓住战机，命其妹夫卢循率领水师自海上绕道上虞。卢循，东汉卢植后人。
北府军屯粮山阴，山阴至余姚必经上虞，卢循忽至，占据上虞，截断了北府军的补给线。
没有粮食补给，北府军不战自溃，孙恩趁机率军冲杀，北府军大败，战死者十之七八，元气大伤。
消息传至建康，京城为之震动，不少人纷纷离京避乱。
朝庭此时除了中军之外，唯一能平叛的军队只有京口刘牢之的北府军。
司马元显别无选择，只得加封刘牢之镇北将军，都督会稽五郡军事，率领两万北府军南下平定孙恩。
八万北府军，经过王恭、谢琰、高雅之等多次变故耗损，所剩已不足半数。
两日后，刘牢之率军到达会稽山阴城。分析战况之后，刘牢之敏锐地查觉到上虞的重要性，亲率三千兵马坐镇。
针对盘据在余姚等地的孙恩叛军，刘牢之严令各县据城而守，遇叛军来攻则固守待援。
一静还有一动，刘牢之派刘敬宣、何无忌、刘裕等将领齐头东进攻打余姚等城，收复失地，压缩叛军的空间。
刘牢之严令不准突进，进攻的队伍彼此响应，遇敌则互相支援，这让孙恩深感棘手。
与北府军交战不胜，诱敌不成，水师偷袭无路，孙恩被逼得节节后退。
半个月后，被逼得走投无路的孙恩，不得不再次率军从浃口出海，退回海岛。
刘牢之命吴郡内史袁崧于沪渎兴建城垒，于水中遍插竹签防御孙恩卷土重来。又命参军刘裕驻防句章，时年三十七岁的刘裕终于得以独镇一方。
得胜捷报奏到京城，司马元显欣喜若狂，认为击败孙恩是自己运筹帷幄、决胜千里之功。
祠部侍郎史平得到授意，上疏请天子下诏，任命司马元显都督十六州军事，兼领徐州刺史，加封司马元显三岁的儿子司马彦璋为东海王。
东晋名义上分十七州，都督十六州军事，除了宁州都在司马元显的都督军事之内，这与其父司马道子的都督中外诸军事只差一点了。
原徐州刺史谢琰死后，朝庭尚未任命新的刺史，司马元显兼领徐州刺史，想让刘牢之驻兵会稽，将留守京口的北府军控制在自己手中。
自夺父权以来，司马元显骄横日盛，一是大兴土木为自己建造府邸，二是以自己“德隆望重，既录百揆”，令公卿皆拜；现在又都督十六州军事、兼领徐州刺史，封子为王。
临湘侯府，车胤与江绩对坐饮酒，谈及朝政两个老头不时地摇头叹息。
“历阳以南，桓玄割据江、荆、雍三州，历阳至石头城之间，谯王专擅，京口和三吴被刘牢之所控，朝庭政令，除了建康城怕是没有哪里再遵奉了。”车胤重重地一墩酒杯，叹道。
江绩瞪了一眼车胤，道：“你的那个弟子也不是好东西，以颍川、萦阳不助募兵为由，擅自兴兵夺取许昌城，威逼萦阳太守陶庆资助军粮。襄城、颍川、萦阳三郡的弹劾奏章已经送到御史台，老夫要向天子陈奏，治罪于他。”
车胤怒道：“江老儿，你怎么是非不分啊。安玄奉五兵部之命募军，你也知晓。襄城几郡不听朝庭命令，阻挡募后在前，不给辎重在后，分明有意为难，安玄无奈才前往颍川就食。”
江绩斜了一眼车胤，骂道：“车老儿，愚看你是老糊涂了，事涉你的弟子便要偏帮。杨安玄为何不依律行事？说一千道一万，杨安玄占据许昌城不走，就是心怀不轨。”
车胤争辩道：“安玄募兵是为朝庭效力，若循规蹈纪行事，不知何日方能成事。江老儿，你且等上一段时日，若是杨安玄真怀有异心，老夫也不能容他，必将他逐出门墙。”
江绩沉吟片刻，道：“也罢，就待年后再说。车老儿，还不倒酒。”
车胤替江绩满上酒，叹道：“司马元显专擅乱政，朝堂之上多是趋炎附势之徒，你我不能坐视不理啊。”
江绩愤懑地道：“司马元显加督十六州军事兼徐州刺史，老夫谏言称其权柄过甚，结果惹来邑犬群吠，奈何奈何。”
车胤叹息一声，道：“如今能约束司马元显的唯有会稽王了。”
江绩恨声道：“会稽王整日在王府中喝酒听曲，老夫数次求见都被拒。倒是赵牙、茹千秋这般小人出入无禁。朝庭若是继续这样下去，怕是要完了。”
车胤眉头紧锁，良久方道：“找到机会，你我一同前往王府面见会稽王，请大王抑制司马元显。”
十二月二日，有星孛于天津九星之旁，江绩奏称，此警预示摄政之过，请罢司马元显录尚书事之职。
十二月六日，度支尚书卢壮奏请授司马元显尚书令，司马元显骄狂如故。
十二月八日，司马元显在台城理事至夜，六门已关。六门，大司马门、东华门、西华门、万春门、太阳门、承明门。按制，无大事六门不开。