当时天下动乱，推举孝廉的事停了下来。
不久，郡中有谋反的人。王脩听说孔融有危难，连夜奔往孔融那里。
贼寇刚刚起事时，孔融对左右的人说：“能冒着危难前来帮我的，只有王脩了。”话刚说完，王脩就到了。
后来王脩又任功曹。当时胶东多有贼寇，孔融又命王脩为胶东县令。
胶东人公沙卢宗族强盛，自己设置营寨壕堑，不肯听从官府的发派调遣。
王脩独自带领几个人骑马径直闯进公沙卢家中，斩杀了公沙卢兄弟几人，公沙氏族人震动惊愕，没有人敢有举动。
王脩安抚了其余的人，自此贼寇逐渐止息。
孔融每次有了危难，王脩即使是在家里休息归养，没有不马上到的。孔融往往倚仗王脩得以免于祸患。
袁谭在青州时，征召王脩为治中从事，别驾刘献几次诽谤诬陷王脩。
后来刘献因事当判死罪，王脩审理这件案子，刘献得以免于一死。当时人因此更加称赞王脩。袁绍又征召王脩任即墨县令，后又任袁谭手下的别驾。
建安七年（202年），袁绍病死，因审配等伪立袁绍遗令，拥立袁尚为主，袁谭与袁尚渐生嫌隙。
到了建安八年（203年），袁谭和袁尚开始刀兵相向，双方在黎阳外城城门交战，袁谭战败，就率领部队退回南皮。
王脩率领吏役百姓前往营救袁谭。袁谭高兴地说：“成全我的部队的人，就是王别驾啊！”
袁谭战败时，刘询在漯阴起兵，各个城池都起来响应。
袁谭叹息说：“现在全州都背叛了我，难道是因为我不讲德行吗？”
王脩说：“东莱太守管统虽远在海外，但这人不会反叛，他一定会来。”
十几天后，管统果然抛妻弃子来到袁谭这里，妻儿被叛贼杀害。袁谭让管统改任乐安太守。
袁谭又想进攻袁尚，王脩劝他说：“兄弟之间往复攻击，这是走向失败灭亡的道路啊！”袁谭不高兴，但理解他的志向节操。
过后袁谭又问王脩：“有什么计策可以使用？”
王脩说：“兄弟就像一个人的左右手。比如一个人将要与别人角斗，却砍断了他的右手，反而说‘我一定能胜’，像这样行吗？抛弃了兄弟，不相亲近，天下人还有谁能亲近！
您的部下有进谗言的人，本来就在你们兄弟之间参与争斗，以求取有朝一日的利益，我愿意明白地告诉使君：堵上耳朵不要听他们的。
如能斩杀几个奸佞的臣下，兄弟重新亲近和睦，以抗御四面八方的敌人，可以凭这个横行天下。”袁谭没有听从。
袁尚又亲自率兵攻打袁谭，袁谭迎战大败，环城坚守。袁尚死命围攻，袁谭逃往平原，并派辛毗去向曹操求救。
曹操攻破了冀州以后，袁谭又背叛了曹操。
曹操于是带领军队在南皮进攻袁谭。王脩这时运送粮食正在乐安，听说袁谭危急，率领他带去的士兵和属下的从事一共几十人，向袁谭那里赶赴。
到了高密县时，听到袁谭已死的消息，王脩下马放声大哭，说：“没有您，我回到哪里去啊？”
于是去了曹操那里，请求让他收葬袁谭的尸体。
曹操想要观察王脩的诚意，沉默着一声不吭。
王脩又说：“我曾受过袁氏的厚恩，如果让我得以收殓袁谭尸体，然后让我就死，我也不会后悔。”
曹操称赞他的义气，听从了他。曹操让王脩担任督军粮，返回乐安。
袁谭被击破后，全州各个城池都服从了曹操，惟独管统据守乐安，不愿服从。
曹操命令王脩去取管统首级，王脩因为管统是亡国的忠臣，于是解开他的捆绑，让他去见曹操。
曹操高兴并且赦免了他。袁氏政令宽纵，在职的有权势的人大多都积聚财物。
曹操攻破邺城，查抄没收审配等人的家财数以万计。
待到攻破南皮县，察看王脩家，粮谷不满十斛，仅有书籍几百卷。
曹操感叹着说：“王脩作为士人真是名符其实。”于是礼聘王脩为司空掾，代理司金中郎将，迁为魏郡太守。