第四次忍界大战后,世界维持着和平,可是当和平变成了表面上的假象,斗争便又开始暗滩,欧阳少阳机缘巧合成为了佐助的弟子,抱着自己的信念走上了忍者之路。不明组织相继现身,世界再次被辉夜的力量笼罩,佐助将漩涡鸣人的力量也传给了欧阳少阳,让欧阳少阳能创立忍宗,成为一股维护世界和平的强大力量。时隔三千年,已经不问世事的宇智波与漩涡一族又再现身,忍者的世界再度风云变幻。